一、buffer是干什么的？

PCR buffer（緩沖液）的作用就是給Taq酶提供一個最適的反應(yīng)條件。一般含有Tris－HCL，Mgcl2+等成分。不同的pcr buffer成分可能不一樣。

二、buffer基本組分

1、Tris-HCl：具有良好的緩沖能力和對多種酶的兼容性，在PCR中的主要作用是調(diào)節(jié)反應(yīng)體系的pH值，使PCR反應(yīng)過程維持在一個穩(wěn)定的ph范圍內(nèi)；為酶反應(yīng)提供恒定的酸堿環(huán)境，保持酶的活性，確保PCR擴(kuò)增的順利進(jìn)行。

2、K+：主要發(fā)揮穩(wěn)定酶活性和參與模板DNA的解鏈作用。適當(dāng)?shù)拟涬x子濃度可以維持Taq酶的活性，從而提高PCR反應(yīng)的效率；結(jié)合到DNA鏈上的磷酸基團(tuán)上，中和負(fù)電荷，減弱雙鏈復(fù)性時的負(fù)電荷相斥，穩(wěn)定引物-模板復(fù)合體。

3、NH4+：NH4+以銨離子和氨的形式存在，可以與堿基之間的氫鍵發(fā)生相互作用，使錯配堿基間的不穩(wěn)定的氫鍵容易斷開，在退火時促進(jìn)引物的特異性結(jié)合。

4、Mg2+：和dNTP結(jié)合成復(fù)合物，作為聚合酶的底物，是聚合酶的激活劑；結(jié)合到DNA鏈上的磷酸基團(tuán)上，中和負(fù)電荷，減弱雙鏈復(fù)性時的負(fù)電荷相斥，穩(wěn)定引物-模板復(fù)合體。

三、注意

對于 Taq DNA聚合酶，緩沖液的一個常見成分是來自KCl的鉀離子（K+)，其可促進(jìn)引物的吸附。有時，也可使用硫酸銨(NH4)2SO4 代替KCl。銨離子(NH4+)具有去穩(wěn)定作用，尤其對于錯配引物-模板復(fù)合物堿基對之間的弱氫鍵，因此可增強(qiáng)反應(yīng)特異性。

Mg2+ 濃度過低會降低聚合酶活性，導(dǎo)致PCR產(chǎn)物較少或無PCR產(chǎn)物。另一方面， Mg2+ 濃度過高則會提高引物-模板復(fù)合物的穩(wěn)定性，產(chǎn)生非特異性PCR產(chǎn)物，并增加由dNTP錯誤插入導(dǎo)致的復(fù)制錯誤。由于NH4+ 與Mg2+具有拮抗效應(yīng)，因此，在各種 Mg2+ 濃度下，含有(NH4)2SO4 的緩沖液都表現(xiàn)出更高的引物特異性。

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